Invasion française de 1792 et 1798
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Les armées révolutionnaires avaient pénétré sur le territoire actuel de la Suisse dès 1792 : l'évêché de Bâle, brièvement indépendant sous le nom de République rauracienne, avait été intégré à la France sous le nom de département du Mont-Terrible, comprenant les districts actuels de Porrentruy et Delémont, le 23 mars 1793 ; la principauté de Montbéliard, jusqu'alors intégrée au département de Haute-Saône, y est rattachée en 1797. Le reste du Jura bernois est progressivement rattaché au département en 1797 et en 1798. Le département du Mont-Terrible sera entièrement rattaché au Haut-Rhin, le 17 février 1800.
Le 17 décembre 1797, le directoire prend un arrêté, signifié le 30 décembre aux gouvernements de Berne et de Fribourg, qui soutient les habitants du pays de Vaud dans leur volonté d'indépendance et qui stipule "Les membres de ces gouvernements répondraient personnellement de la sûreté individuelle et des propriétés des habitants du pays de Vaud qui se seraient adressés et pourraient s'adresser à la république française". Le 4 janvier Joseph Mengaud somme Berne de lui déclarer dans quel but elle semble vouloir rassembler des milices et fait appuyer cette interrogation par la marche d'une division de 10 000 hommes de l'armée d'Italie vers les frontières suisses. Celle-ci s'installe à Ferney-Voltaire.
Ces mesures militaires déclenchent l'insurrection générale dans le pays de Vaud. Berne et Fribourg s'organisent et rassemblent un corps de 20 000 hommes sous le commandement du colonel Weiss qui marche sur Lausanne où il tente d'engager des pourparlers avec les insurgés vaudois. Pendant ce temps, les troupes françaises pénètrent dans le pays de Vaud et contraignent Weiss à se retirer à Yverdon. Le départ de Weiss le 27 janvier déclenche la révolution vaudoise. Le 28 janvier de nouvelles troupes françaises traversent le Léman et s'établissent à Lausanne. Weiss prend alors la décision de se retirer à Morat. La révolution vaudoise exerce une influence sur le reste de la Suisse, particulièrement à Bâle, Aarau, Fribourg, Soleure, où des insurrections éclatent. Berne se décide alors à quelques concessions.
Après de nombreuses tractations politiques, le directoire fait connaître son intention d'établir une république en Suisse, organisée sur le modèle français. Berne est réduit à la nécessité de se défendre et appelle les autres cantons à son secours. Soleure, Fribourg et Zurich ainsi que les petits cantons centraux envoient des troupes. Berne réunit alors 25 000 à 30 000 hommes sous les ordres du général Charles Louis d'Erlach. Le général Guillaume Marie-Anne Brune prend le 4 février le commandement des troupes positionnées dans le pays de Vaud et fait réunir ses troupes sur la frontière de Fribourg pendant qu'un corps de l'armée du Rhin, commandé par le général Schauenbourg, vient en renfort par le Jura. Brune décide de gagner du temps en proposant des négociations avec les Bernois. Ceux-ci acceptent et une trêve de 15 jours est déclarée en attendant une réponse du directoire. Brune et Schauenbourg concertent un plan d'attaque pour le 1er mars, le jour de l'expiration de l'armistice. Pendant ce temps, Berne hésite, D'Erlach tente de convaincre le sénat bernois de l'autoriser à attaquer, mais l'indécision est totale et les ordres et contre-ordres se succèdent jetant la confusion dans les troupes bernoises. Le 2 mars conformément au plan, Schauenbourg commence les hostilités et s'empare du château de Dornach, puis de Lengnau sur la route de Bienne à Soleure. Schauenbourg continue sa route et se porte alors sur Soleure où la ville se rend aux premières sommations. La reddition de Soleure livre aux Français un pont sur l'Aar. Au même moment, Brune investit Fribourg après un rapide combat. Les flancs de l'armée suisse se trouvent à découvert à la suite de la perte des deux villes. D'Erlach cherche à concentrer ses troupes à Fraubrunnen, Guminen, Laupen et Neueneck, mais une seule division, celle de Watteville, opère sa retraite en bonne ordre. Les milices d'Argovie se débandent, et celles formant le centre de l'armée se révoltent. Le gouvernement de Berne porte le désordre à son comble en ordonnant le Landsturm (levée en masse). Le général d'Erlach réussit à ramener le calme dans une partie de la troupe mutinée, mais l'armée est maintenant réduite de moitié par la perte de contingents cantonaux. Le 5 au matin une des colonnes de Brune, commandée par Pigeon, passe la Sarine pour attaquer Neueneck qui contrôle la route de Berne. Les Français, après un succès initial sont forcés de retraverser la Sarine, suite à l'arrivée de renforts suisses.
Ce succès suisse n'est toutefois que de courte durée. Les troupes de Schauenbourg commencent à faire route de Soleure à Berne. Il s'ensuit une série d'escarmouches qui forcent D'Erlach à la retraite ; après avoir perdu Fraubrunnen, il tente de tenir un défilé près de Artenen, mais les Suisses doivent battre en retraite une nouvelle fois. Le général D'Erlach tente une dernière fois d'arrêter les Français devant les portes de Berne, mais il est défait et Berne capitule le 5 mars. Après la prise de Berne, l'armée confédérée se disperse, D'Erlach tente encore une dernière résistance à Grauholz avec les deux bataillons qui lui reste. Il est définitivement vaincu puis finalement assassiné par des soldats de son propre camp le considérant comme un traître. En 1798, les troupes françaises envahissent tout le pays ; mis à part à Berne et en Suisse centrale, ils sont relativement bien accueillis. Les deux victoires au Grauholz et à Fraubrunnen entraînent la capitulation de Berne, guère soutenu par ses alliés.
Les Français vont faire de la Suisse un État unitaire sur le modèle français: la République helvétique.
