Chromista (classification phylogénétique)
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Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Chromista (ou Chromistes, ou encore lignée brune), c'est-à-dire un arbre mettant en lumière les relations évolutives complexes (relations groupes ancestraux - groupes descendants) existantes entre les différents organismes vivants, ou taxa, constituant ce groupe. Du fait de ses méthodes nouvelles basées sur la biologie moléculaire, la phylogénie, science récente à l'origine de la classification phylogénétique du vivant, est en plein essor et parfois en contradiction avec l'ancienne classification classique, majoritairement basée, elle, sur des critères morphologiques et physiologiques. Aussi, certains points particuliers font parfois encore l'objet de débats au sein de la communauté scientifique. L'objectif, s'il y a lieu, est également de présenter ces derniers ici.
[modifier] Arbre phylogénétique[modifier] Arbre résumé▲ └─o Chromista ├─o Telonemia ├─o Cryptista │ └─o Cryptophyta │ ├─o Goniomonadales │ └─o Cryptomonadida ├─o Haptophyta │ ├─o Pavlovophyceae │ └─o Prymnesiophyceae └─o Heterokonta ou Stramenopiles ├─o Opalinata └─o ├─o Labyrinthulomycetes └─o ├─o Bicosoecida ou Bicoecida └─o ├─o Sloomycetes │ ├─o Hyphochytriomycetes │ └─o Oomycota ou Peronosporomycetes └─o Stramenochromes ou Heterokontophyta ou Ochrophyta ├─o Diatomeae │ ├─o Bolidophyceae ou Bolidomonadales │ └─o Bacillariophyta │ ├─o Bacillariophyceae │ ├─o Fragilariophyceae │ └─o Coscinodiscophyceae └─o Phaeista ├─o Parmophyceae ├─o Hypogyrista │ ├─o Pelagophyceae │ └─o Actinochrysophyceae ou Axodines └─o Chrysista ├─o Pinguiophyceae ├─o │ ├─o Eustigmatales │ └─o Chrysophyceae └─o ├─o Raphidophyceae └─o Phaeistia ├─o Phaeothamniophyceae ├─o Chrysomerophyceae ├─o Xanthophyceae ├─? Schizocladiales └─o Phaeophyceae [modifier] Arbre développé▲ └─o Chromista ├─o Telonemia ├─o Cryptista │ ├─o Kathablepharida ou Leucocrypta │ └─o Cryptophyta │ ├─o Goniomonadales │ └─o Cryptomonadida │ ├─o │ │ ├─o Chilomonas │ │ └─o Cryptomonas │ └─o │ ├─o Pyrenomonadales │ ├─o Guillardia │ ├─o │ │ ├─o Teleaulax │ │ └─o Geminigera │ ├─o Proteomonas │ └─o │ ├─o Hemiselmis │ ├─o Chroomonas │ └─o Komma ├─o Haptophyta │ ├─o Pavlovophyceae │ └─o Prymnesiophyceae │ ├─o Prymnesiales │ ├─o Phaeocystales │ ├─o Isochrysidales │ │ ├─o Prinsiaceae │ │ ├─o Gephyrocapsaceae │ │ ├─o Isochrysidaceae │ │ ├─o Ochrosphaeraceae │ │ └─o Hymenomonadaceae │ └─o Coccolithophorales │ ├─o Zygodiscaceae │ ├─o Calciosoleniaceae │ ├─o Pontosphaeraceae │ ├─o Syracosphaeraceae │ ├─o Helicosphaeraceae │ ├─o Coccolithophoraceae │ ├─o Rhabdosphaeraceae │ ├─o Braarudosphaeraceae │ ├─o Halopappaceae │ └─o Ceratolithaceae └─o Heterokonta ou Stramenopiles ├─? Pseudodendromonadidae └─o ├─o Opalinata ou Slopalinida │ ├─? Blastocystis │ ├─o Proteromonadidae │ └─o Opalinidae ├─o Placididea └─o ├─o Bigyromonada ou Developayella └─o ├─o Labyrinthulomycetes │ ├─o Labyrinthulidae │ ├─o Thraustochytridae │ └─o Diplophryidae └─o ├─o Bicosoecida ou Bicoecida │ ├─o Pirsoniales │ └─o Bicosoecales ou Bicoecales │ ├─o Caecitellidae │ ├─o Bicosoeceae ou Bicoeceae │ ├─o Cafeteriaceae │ └─o Siluaniaceae └─o ├─o Sloomycetes │ ├─o Hyphochytriomycetes ou Hyphochytriales │ │ ├─o Hyphochytriaceae │ │ └─o Rhizidiomycetaceae │ └─o Oomycota ou Peronosporomycetes │ ├─o Haptoglossales │ ├─? Lagenaceae │ ├─o Ectrogellaceae │ ├─o Eurychasmataceae │ ├─o Pontismataceae │ ├─o Sirolpidiaceae │ ├─o Rozellopsidales │ │ ├─o Pseudosphaeritaceae │ │ └─o Rozellopsidaceae │ └─o Oomycetes │ ├─? Anisolpidiales │ ├─? Lagenismatales │ ├─o Sclerosporales │ │ ├─o Sclerosporaceae │ │ └─o Verrucalvaceae │ ├─o Salilagenidiales │ │ ├─o Haliphthoraceae │ │ └─o Salilagenidiaceae │ ├─o Saprolegniales │ │ ├─o Leptolegniaceae │ │ └─o Saprolegniaceae │ ├─o Olpidiopsidales │ ├─o Myzocytiopsidales │ │ ├─o Crypticolaceae │ │ └─o Myzocytiopsidaceae │ ├─o Leptomitales │ │ ├─o Leptolegniellaceae │ │ ├─o Apodachlyellaceae │ │ ├─o Ducellieriaceae │ │ └─o Leptomitaceae │ ├─o Rhipidiales │ ├─o Pythiales │ │ ├─o Pythiaceae │ │ └─o Pythiogetonaceae │ └─o Peronosporales │ ├─o Peronosporaceae │ └─o Albuginaceae └─o Stramenochromes ou Heterokontophyta ou Ochrophyta ├─o Diatomeae ou Khakista │ ├─o Bolidophyceae ou Bolidomonadales │ └─o Bacillariophyta │ ├─o Bacillariophyceae │ │ ├─o Eunotiophycidae ou Eunotiales │ │ │ ├─o Eunotiaceae │ │ │ └─o Peroniaceae │ │ └─o Bacillariophycidae │ │ ├─o Lyrellales │ │ ├─o Mastogloiales │ │ ├─o Dictyoneidales │ │ ├─o Cymbellales │ │ │ ├─o Rhoicospheniaceae │ │ │ ├─o Anomoeoneidaceae │ │ │ ├─o Cymbellaceae │ │ │ └─o Gomphonemataceae │ │ ├─o Achnanthales │ │ │ ├─o Achnanthaceae │ │ │ ├─o Cocconeidaceae │ │ │ └─o Achnanthidiaceae │ │ ├─o Thalassiophysales │ │ │ ├─o Catenulaceae │ │ │ └─o Thalassiophysaceae │ │ ├─o Bacillariales │ │ ├─o Rhopalodiales │ │ ├─o Surirellales │ │ │ ├─o Entomoneidaceae │ │ │ ├─o Auriculaceae │ │ │ └─o Surirellaceae │ │ └─o Naviculales │ │ ├─o Phaeodactylaceae │ │ ├─o Diploneidaceae │ │ ├─o Naviculineae │ │ │ ├─o Naviculaceae │ │ │ ├─o Pleurosigmataceae │ │ │ ├─o Plagiotropidaceae │ │ │ ├─o Stauroneidaceae │ │ │ └─o Proschkiniaceae │ │ ├─o Sellaphorineae │ │ │ ├─o Sellaphoraceae │ │ │ └─o Pinnulariaceae │ │ └─o Neidiineae │ │ ├─o Berkeleyaceae │ │ ├─o Cavinulaceae │ │ ├─o Cosmioneidaceae │ │ ├─o Scolioneidaceae │ │ ├─o Diadesmidaceae │ │ ├─o Amphipleuraceae │ │ ├─o Brachysiraceae │ │ ├─o Neidiaceae │ │ └─o Scoliotropidacea │ ├─o Fragilariophyceae │ │ ├─o Fragilariales │ │ ├─o Tabellariales │ │ ├─o Licmophorales │ │ ├─o Rhaphoneidales │ │ │ ├─o Rhaphoneidaceae │ │ │ └─o Psammodiscaceae │ │ ├─o Ardissoneales │ │ ├─o Toxariales │ │ ├─o Thalassionematales │ │ ├─o Rhabdonematales │ │ ├─o Striatellales │ │ ├─o Climacospheniales │ │ ├─o Protoraphidales │ │ └─o Cyclophorales │ │ ├─o Cyclophoraceae │ │ └─o Entopylaceae │ └─o Coscinodiscophyceae │ ├─o Thalassiosirophycidae ou Thalassiosirales │ │ ├─o Thalassiosiraceae │ │ ├─o Skeletonemataceae │ │ ├─o Stephanodiscaceae │ │ └─o Lauderiaceae │ ├─o Biddulphiophycidae │ │ ├─o Triceratiales │ │ │ ├─o Triceratiaceae │ │ │ └─o Plagiogrammaceae │ │ ├─o Biddulphiales │ │ ├─o Anaulales │ │ └─o Hemiaulales │ │ ├─o Hemiaulaceae │ │ ├─o Bellerocheaceae │ │ └─o Streptothecaceae │ ├─o Lithodesmiophycidae ou Lithodesmiales │ ├─o Corethrophycidae ou Corethrales │ ├─o Cymatosirophycidae ou Cymatosirales │ │ ├─o Cymatosiraceae │ │ └─o Rutilariaceae │ ├─o Rhizosoleniophycidae ou Rhizosoleniales │ │ ├─o Rhizosoleniaceae │ │ └─o Pyxillaceae │ ├─o Chaetocerotophycidae │ │ ├─? Leptocylindrales │ │ └─o Chaetocerotales │ │ ├─o Chaetocerotaceae │ │ ├─o Acanthocerataceae │ │ └─o Attheyaceae │ └─o Coscinodiscophycidae │ ├─o Chrysanthemodiscales │ ├─o Melosirales │ │ ├─o Melosiraceae │ │ ├─o Stephanopyxidaceae │ │ ├─o Endictyaceae │ │ └─o Hyalodiscaceae │ ├─o Paraliales │ ├─o Aulacoseirales │ ├─o Orthoseirales │ ├─o Ethmodiscales │ ├─o Stictocyclales │ ├─o Asterolamprales │ ├─o Arachnoidiscales │ ├─o Stictodiscales │ └─o Coscinodiscales │ ├─o Coscinodiscaceae │ ├─o Rocellaceae │ ├─o Aulacodiscaceae │ ├─o Gossleriellaceae │ ├─o Hemidiscaceae │ └─o Heliopeltaceae └─o Phaeista ├─? Aurosphaeraceae ├─o Parmophyceae ou Parmales │ ├─o Pentalaminaceae │ └─o Triparmaceae ├─o Hypogyrista ou Dictyochia │ ├─o Pelagophyceae │ │ ├─o Pelagomonadales │ │ └─o Sarcinochrysidales │ └─o Actinochrysophyceae ou Axodines ou Dictyochophyceae │ ├─o Dictyochales ou Silicoflagellata ou Silicophycidae │ └─o Abaxodinae ou Abodines │ ├─o Rhizochromulinales │ └─o Actinodinea │ ├─o │ │ ├─o Pseudopedinella │ │ ├─o Mesopedinella │ │ └─o │ │ ├─o Apedinella │ │ └─o Parapedinella │ └─o │ ├─o Pedinella │ └─o Actinomonadales │ ├─o Pteridomonas │ ├─o Actinomonas │ └─o Heliomonadida │ ├─o Ciliophryida │ └─o Actinophryida └─o Chrysista ├─o Pinguiophyceae ├─o │ ├─o Eustigmatophyceae ou Eustigmatales │ └─o Chrysophyceae │ ├─o Synurales │ │ ├─o Mallomonadaceae │ │ └─o Synuraceae │ ├─o Hibberdiales │ │ ├─o Hibberdiaceae │ │ └─o Chrysocapsaceae │ ├─o Chrysosphaerales │ │ ├─o Chrysosaccaceae │ │ ├─o Stylococcaceae │ │ └─o Chrysosphaeraceae │ ├─o Cyclonexis │ ├─o │ │ ├─o Ochromonadaceae │ │ └─o Chrysolepidomonadaceae │ ├─o Phaeoplacales │ ├─o Hydrurales │ ├─o Paraphysomonadaceae │ └─o Chromulinales │ ├─o Oikomonadaceae │ ├─o Chromulinaceae │ └─o Chrysamoebaceae └─o ├─o Raphidophyceae ou Raphidomonadales │ ├─o Vacuolariaceae │ └─o Thaumatomastigaceae └─o Phaeistia ├─o Phaeothamniophyceae │ ├─o Phaeothamniales │ └─o Pleurochloridellales ├─o Chrysomerophyceae ├─o Xanthophyceae ou Tribophyceae │ ├─o Phyllosiphonaceae │ ├─o Chloramoebales │ ├─o Rhizochloridales │ │ ├─o Rhizochloridaceae │ │ ├─o Stipitococcaceae │ │ └─o Myxochloridaceae │ ├─o Heterogloeales │ │ ├─o Heterogloeaceae │ │ ├─o Mallodendraceae │ │ └─o Characidiopsidaceae │ ├─o Tribonematales │ │ ├─o Neonemataceae │ │ ├─o Tribonemataceae │ │ ├─o Heterodendraceae │ │ └─o Heteropediaceae │ ├─o Vaucheriales │ │ ├─o Botrydiaceae │ │ └─o Vaucheriaceae │ └─o Mischococcales │ ├─o Pleurochloridaceae │ ├─o Botrydiopsidaceae │ ├─o Botryochloridaceae │ ├─o Gloeobotrydaceae │ ├─o Gloeopodiaceae │ ├─o Mischococcaceae │ ├─o Characiopsidaceae │ ├─o Chloropediaceae │ ├─o Trypanochloridaceae │ ├─o Centritractaceae │ ├─o Chlorotheciaceae │ └─o Ophiocytaceae ├─? Schizocladiales └─o Phaeophyceae ├─o Choristocarpaceae └─o ├─o Dictyotales │ ├─o Scoresbyellaceae │ └─o Dictyotaceae └─o ├─o │ ├─o Onslowiaceae │ └─o Sphacelariales │ ├─o Sphacelariaceae │ ├─o Discosporangiaceae │ ├─o Stypocaulaceae │ └─o Cladostephaceae └─o ├─o Syringodermatales └─o ├─o Sporochnales ├─o Desmarestiales │ ├─o Desmarestiaceae │ └─o Arthrocladiaceae ├─o Bachelotia ├─o │ ├─o Scytothamnales │ └─o Asteronema ├─o Ralfsiales ├─? Petroderma ├─o Fucales │ ├─o Durvillaeaceae │ ├─o Fucaceae │ ├─o Himanthaliaceae │ ├─o Hormosiraceae │ ├─o Phyllosporaceae │ ├─o Sargassaceae │ └─o Cystoseiraceae ├─o Phaeosiphoniella ├─o Tilopteridales ├─o Phyllariaceae ├─o Halosiphonaceae ├─o Cutleriales ├─o Asterocladon ├─o Ascoseirales ├─o Ectocarpales │ ├─o Acinetosporaceae │ ├─o Acrotrichaceae │ ├─o Adenocystaceae │ ├─o Chordariaceae │ ├─o Ectocarpaceae │ ├─o Ishigeaceae │ └─o Scytosiphonaceae └─o Laminariales ├─o Akkesiphycaceae ├─o Pseudochordaceae ├─o Chordaceae └─o ├─o Alariaceae ├─o Laminariaceae └─o Lessoniaceae |
 
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[modifier] Débat scientifique relatif à la phylogénie des Chromista
La monophylie du groupe n'est pas avérée.
[modifier] Classification selon Cavalier-Smith 1998
Cette classification n'est pas à proprement parler phylogénétique. Basée sur les nouvelles phylogénies, elle maintient néanmoins des taxons paraphylétiques, notamment à la base des lignées évolutives, par commodité. Elle maintient également les niveaux traditionnels de classification (règnes, phyla, classes, etc.).
Classification selon Cavalier-Smith 1998
▲ └─o règne des Chromista ├─o sous-règne des Cryptista │ └─o embranchement des Cryptophyta └─o sous-règne des Chromobiota ├─o infra-règne des Heterokonta │ ├─o super-embranchement des Sagenista │ │ └─o embranchement des Sagenista │ │ ├─o sous-embranchement des Bicoecia │ │ │ ├─o ordre des Bicoecales │ │ │ ├─o ordre des Anoecales │ │ │ └─o ordre des Pirsoniales │ │ │ └─o famille des Pirsoniaceae │ │ └─o sous-embranchement des Labyrinthista │ └─o super-embranchement des Gyrista │ ├─o embranchement des Ochrophyta (peut-être paraphylétique) │ │ ├─o sous-embranchement des Phaeista │ │ │ ├─o infra-embranchement des Hypogyrista │ │ │ └─o infra-embranchement des Chrysista │ │ │ ├─o super-classe des Phaeistia │ │ │ └─o super-classe des Limnistia │ │ └─o sous-embranchement des Diatomeae │ └─o embranchement des Bigyra │ ├─o sous-embranchement des Bigyromonada │ ├─o sous-embranchement des Pseudofungi │ └─o sous-embranchement des Opalinata └─o infra-règne des Haptophyta └─o embranchement des Haptophyta
[modifier] Classification proposée par Adl et al. 2005
Ce comité a proposé une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens Protistes et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques. Voici ce qui concerne les Chromista, ici réputés polyphylétiques.
Classification proposée par Adl et al. 2005
▲ ├─o Cryptophyceae │ ├─o Cryptomonadales │ └─o Goniomonadales ├─o Haptophyta │ ├─o Pavlovophyceae │ └─o Prymnesiophyceae │ ├─o Prymnesiales │ ├─o Phaeocystales │ ├─o Isochrysidales │ └─o Coccolithales └─o Stramenopiles ├─o Opalinata │ ├─o Proteromonadea │ ├─o Opalinea │ └─o Blastocystis ├─o Bicosoecida ├─o Labyrinthulomycetes │ ├─o Labyrinthulaceae │ └─o Thraustochytriaceae ├─o Hyphochytriales │ ├─o Anisolpidiaceae │ ├─o Hyphochytridiomycetaceae │ └─o Rhizidiomycetaceae ├─o Peronosporomycetes ├─o Actinophryidae ├─o Bolidomonas ├─o Chrysophyceae │ ├─o Chromulinales │ ├─o Hibberdia │ └─o Ochromonadales ├─o Dictyochophyceae │ ├─o Dictyochales │ ├─o Pedinellales │ └─o Rhizochromulinales ├─o Eustigmatales ├─o Pelagophyceae │ ├─o Pelagomonadales │ └─o Sarcinochrysidales ├─o Phaeothamniophyceae │ ├─o Phaeothamniales │ └─o Pleurochloridales ├─o Pinguiochrysidales ├─o Raphidophyceae ├─o Schizocladia ├─o Synurales ├─o Xanthophyceae │ ├─o Tribonematales │ └─o Vaucheriales ├─o Phaeophyceae │ ├─o Ascoseirales │ ├─o Cutleriales │ ├─o Desmarestiales │ ├─o Dictyotales │ ├─o Ectocarpales │ ├─o Fucales │ ├─o Ishige │ ├─o Laminariales │ ├─o Scytothamnales │ ├─o Sphacelariales │ ├─o Sporochnales │ ├─o Syringodermatales │ └─o Tilopteridales └─o Bacillariophyta ├─o Coscinodiscophytina (paraphylétique) │ ├─o Paralida │ ├─o Melosirida │ ├─o Coscinodiscida │ ├─o Arachnoidiscida │ ├─o Rhizosolenida │ └─o Corethrida └─o Bacillariophytina ├─o Mediophyceae └─o Bacillariophyceae
[modifier] En savoir plus
[modifier] Sources bibliographiques de référence
- K. Shalchian-Tabrizi, W. Eikrem, D. Klaveness, D. Vaulot, M. A. Minge, F. Le Gall, K. Romari, J. Throndsen, A. Botnen, R. Massana, H. A. Thomsen et K. S. Jakobsen (2006) « Telonemia, a new protist phylum with affinity to chromist lineages », Proc. R. Soc. B 273, pp.1833–1842
- Sina M. Adl et alii (2005) « The New Higher Level Classification of Eukaryotes », J. Eukaryot. Microbiol., 52 (5), p. 399–451
- (fr) Bruno de Reviers, Biologie et phylogénie des algues, vol. 2 : tome 2, 2003 (ISSN 1158-3762) [détail des éditions]
- Kirill A. Mikrjukov et David J. Patterson (2001) « Taxonomy and Phylogeny of Heliozoa. III. Actinophryids », Acta Protozool., 40, p. 3-25
- Thomas Cavalier-Smith (1998) « A revised six-kingdom system of life », Biological reviews 73, p. 203-266
[modifier] Autres sources bibliographiques
- Cabioc'h, J., Floc'h, J.-Y., Le Toquin, A., Boudouresque, C.F., 2006. Guide des algues des mers d'Europe, Delachaux et Niestlé (éd.). ISBN 260301384X.
[modifier] Sources internet
[modifier] Liens internes
- Chromista -- Laminaire -- Diatomée -- Mildiou (Oomycota)
- Eukaryota (classification phylogénétique)
- Arbre phylogénétique
- Photo-guide taxinomique de la faune et de la flore sous-marine
- Photo-guide taxinomique du monde végétal
- Répertoire général des ressources en botanique
