Secrétaire d'État de la Religion prétendue réformée

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Au moment de la préparation puis de l'exécution de l'Édit de Nantes s'est constitué de manière empirique un département consacré aux « affaires de ceux de la religion prétendue réformée » (RPR). En effet, un règlement daté de 1588 chargeait l'un des quatre secrétaires d'État désignés par Henri III, Forget de Fresne, de la correspondance avec des provinces concentrant d'importantes populations huguenotes, Languedoc, Dauphiné, Orléanais, Maine, Anjou, Poitou, Saintonge, Angoumois. De fait il fut amené à s'occuper particulèrement des affaires protestantes. Ayant la confiance d'Henri IV, il est le rédacteur de l'Édit de Nantes, qu'il contresigne, et centralise par la suite les « affaires de ceux de la religion » ou « religionnaires ».

À partir de 1610, le secrétariat d'État dont il était titulaire (provinces et affaires protestantes) est monopolisé par une branche de la famille des Phélypeaux qui se le transmet jusqu'en 1775. Après Forget de Fresne se succèdent (quand elle est antérieure à la mort ou à la démission de son prédécesseur, la date de nomination d'un secrétariat d'État est celle à laquelle il a été reçu en survivance) :

• 1610-1621 : Paul Phélypeaux, seigneur de Pontchartrain ;
• 1621-1629 : Raymond Phélypeaux, seigneur d'Herbault et de La Vrillière, frère du précédent, à qui une nouvelle répartition des tâches des secrétaires d'État, en 1626, confie « dans le royaume, le Languedoc, la Guyenne, Brouage, Aunis, La Rochelle », et expressément, « les affaires générales des huguenots » ;
• 1629-1681 : Louis Phélypeaux, seigneur de La Vrillière, marquis de Châteauneuf ;
• 1669-1700 : Balthazar Phélypeaux, marquis de Châteauneuf, comte de Saint-Florentin ;
• 1700-1725 : Louis Phélypeaux, marquis de La Vrillière, seigneur de Châteauneuf, marquis de Saint-Florentin ;
• 1723-1775 : Louis Phélypeaux, comte de Saint-Florentin puis duc de La Vrillière.

Jusqu'à la révocation de l'Édit de Nantes, les secrétariats d'État des Affaires protestantes, chargés de très vastes secteurs géographiques, sont surtout appelés à répondre aux correspondances qui leur sont adressées par les gouverneurs, les intendants, les évêques à propos de contestations concernant le maintien d'un exercice, l'éventuelle démolition d'un temple, des transgressions vraies ou fictives des dispositions de l'Édit de Nantes. Ils exécutent docilement les mesures de plus en plus rigoureuses prises à l'encontre de la communauté réformée, et le marquis de Châteauneuf contresigne l'édit de Fontainebleau en 1685.

Ce département est maintenu après la Révocation. Toutefois les questions traitées sont différentes : hormis le soulèvement des Camisards, elles se concentrent surtout dans deux domaines : la gestion des biens des religionnaires fugitifs, saisis et mis en régie, pouvant être attribués aux parents les plus proches de ceux-ci (à condition qu'ils fussent bons catholiques), mais seulement après instruction des dossiers menée par le secrétariat d'État chargé de la RPR, dossiers considérables, sur lesquels il devait rapporter au Conseil des dépêches. Sollicité par les intendants, il intervient aussi à propos des enlèvements d'enfants de familles suspectées de n'être pas sincèrement converties, et de leur placement dans des couvents ou dans des maisons de nouveaux ou de nouvelles catholiques.

Les consignes du comte de Saint-Florentin, responsable pendant cinquante ans de ces questions, allèrent toujours dans le sens de la plus grande sévérité. En désaccord avec la politique de tolérance de fait des dernières années du règne de Louis XV, davantage encore avec celle qu'annonce l'arrivée de Turgot au ministère, il résigna sa charge en 1775. Depuis 1749, le département des affaires de ceux de la RPR était rattaché au secrétariat de la Maison du Roi ; appelé à cette fonction en juillet 1775, Guillaume de Lamoignon de Malesherbes incarnait des valeurs à l'exact opposé de celles qu'invoquait son prédécesseur. Il souhaitait en particulier préparer la réintégration des protestants en tant que tels dans la communauté nationale ; la brièveté de son ministériat - dix mois - l'empêcha d'obtenir sur ce point des résultats, mais sous ses successeurs, Amelot de Chaillou, jusqu'en 1785, le baron de Breteuil de 1785 à 1787, et enfin Laurent de Villedeuil, jusqu'à la Révolution, les mémoires qu'il rédige ouvrent la voie à l'édit de 1787 qui applique enfin l'une des mesures qu'il avait le plus systématiquement préconisées, la restitution aux protestants d'un état civil.