Modèle:Projet Biochimie, biologie cellulaire et moléculaire/Ressources/Bioinformatique - Génomique

Un article de Wikipédia, l'encyclopédie libre.

Sommaire 1 Bioinformatique générale 1.1 Bibliographie 1.2 Internet 2 Logiciels, programmation et bases de données 2.1 Logiciels et programmation 2.2 Bases de données

[modifier] Bioinformatique générale

[modifier] Bibliographie

[modifier] Internet ExPASy Proteomics Server Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes National Center for Biotechnology Information (NCBI) Online Informatics Resource for Dictyostelium Institut européen de bio-informatique : http://www.ebi.ac.uk/ Ensembl (génomes complets séquencés) : http://www.ensembl.org/ ReNaBI : French bioinformatics platforms network : http://www.renabi.fr/ Centre de Ressources Infobiogen (CRI) : http://www.infobiogen.fr/ PRABI : Rhone-Alpes Bioinformatics Center : http://www.prabi.fr Pôle Bio-Informatique Lyonnnais (PBIL) : http://pbil.univ-lyon1.fr/ | http://pbil.ibcp.fr/ Société Française de BioInformatique Association des étudiants de la filière Bioinformatique d'Orsay

* Portail Biologie cellulaire et moléculaire

[modifier] Logiciels, programmation et bases de données

[modifier] Logiciels et programmation BLAST (recherche de séquences dans les bases de données) : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ CLUSTAL W (alignement de séquences) : http://www.ebi.ac.uk/clustalw/ DbClustal (alignement utilisant comme ancres les résultats de blast) : http://bips.u-strasbg.fr Bioinformatics.org (ensemble de projets libres) : http://www.bioinformatics.org The Open Bioinformatics Foundation (promotion de logiciels libres pour la bio-informatique) : http://open-bio.org/ EMBOSS (ensemble d'outils libres pour l'analyse de séquences) : http://www.emboss.org/ BioPerl (Perl et la bio-informatique) : http://bioperl.org BioPython (Python et la bio-informatique): http://biopython.org BioJava (Java et la bio-informatique): http://biojava.org Phylogène (initiation à la phylogénie): http://www.inrp.fr/Acces/biotic/evolut/phylogene/accueil.htm PHYML (logiciel de phylogénie) : http://atgc.lirmm.fr/phyml/ Jmol (logiciel de visualisation de molécules en 3D) : http://www.jmol.org/

[modifier] Bases de données EMBL (nucléotides): http://www.ebi.ac.uk/embl/ GenBank (nucléotides): http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html UniProt Knowledgebase (protéines): http://www.ebi.ac.uk/uniprot/ SwissProt (protéines): http://www.expasy.org/ PDB - The Protein DataBank (structures tridimensionnelles de macromolécules biologiques) : http://www.rcsb.org/pdb/ The Genome Database : http://www.gdb.org/ Ensembl martView : http://www.ensembl.org/Multi/martview EBI MartView : http://www.ebi.ac.uk/BioMart/martview WormBase http://www.wormbase.org/ SGD (Saccharomyces Genome Database) : http://www.yeastgenome.org/

* Portail Biologie cellulaire et moléculaire