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L'épisode Les Fugitifs (1x22) a été suivi par 9,9 millions de téléspectateurs aux États-Unis et 7,3 millions en France, soit 27,5% de parts d'audience. Dans sa chronique, le journaliste de Commeaucinema a trouvé la « fin électrisante. (...) Lorsqu’ils approchent de l’aérodrome, on se demande toujours qui va pouvoir monter dans le petit avion. La réponse vient rapidement et tristement quand l’avion s’envole, vide, laissant sur le tarmac les hommes recherchés. Michael Scofield - joué par le magnifique Wentworth Miller - qui a toujours un plan B explique la suite des événements en trois mots "Maintenant, on court." ». Le magazine Télé Loisirs a également été enthousiasmé par cet épisode: « Sur fond de trahisons révélées, de nouvelle conspiration politique, de meurtre et d'évasion rocambolesque, la fin de la saison 1 est à la hauteur des attentes d'un public de plus en plus accro! ».

Dans l'épisode Sona (2x22), lorsque tous deux se retrouvent dans la même cellule, Bellick remarque le sourire mystérieux de T-Bag et le lui fait remarquer : « That Siamese cat grin just makes me want to open you up even more. » (« Ce sourire de chat siamois me donne encore plus envie de te tirer les vers du nez »). T-Bag lui répond alors « It's cheshire, cheshire cat. » (« C'est Cheshire, le chat du Cheshire »). Le chat du Cheshire est un personnage du roman pour enfants Alice au pays des merveilles de Lewis Carroll. Il a la particularité de devenir invisible en ne laissant apparaître que son sourire.