Neighbour joining
Un article de Wikipédia, l'encyclopédie libre.
 |
Vous pouvez partager vos connaissances en l’améliorant. (Comment ?).
|
En bioinformatique, le neighbour joining est une méthode d'élaboration d'arbres de données phylogénétiques. La méthode Neighbour Joining se base sur les mêmes principes que les méthodes d'analyse de groupe (cluster analysis), telles que la méthode de UPGMA (qui se base sur les distances génétiques pour construire un arbre phylogénétique). La seule différence de la méthode de Neighbour Joining est qu'elle tient compte des différences de vitesse d'évolution entre les différentes branches de l'arbre phylogénétique. Cette méthode fournit un arbre non polarisé (non enraciné).
Utilisée généralement pour les arbres de données basés sur l'ADN ou les séquences de protéine, l'algorithme requière la connaissance de la distance entre chaque paire de taxa (par. ex. espèces ou séquences) dans l'arbre.
[modifier] References
- Saitou, N. and Nei., M. (1987). The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol. Biol. Evol. 4(4):406-425
