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je suis pas sure que le plan est le plus pratiques... je teste. Donnez vos avis ! J'ai notement du mal a concilier dans un meme plan l'aspect technique/technologique de la protéomique et l'aspect science. Je pense pas que les séparer soit une bonne solution. Je vais travailler a partir de ce plan, on verra ce que ca donne

Si vous avez des références en français, ca serait bien (j'en ai beaucoup trop en anglais mais peu en francais)

Je me demande si cet article ne va pas etre trop lourd. il faudra peut etre le fractionner.

De plus, ca serait bien d'aborder des aspects moins techniques : historique (étapes clés du développement de la protéomique), place dans la recherche française et internationnale, objectifs/débouchés de la protéomique, prespective future de protéomique...

Je peux filer un coup de main. Michel Caron Laboratoire de Biochimie des Protéines et Protéomique / Protein Biochemistry and Proteomics Laboratory CNRS UMR 7033 (BioMoCeti) UFR SMBH Leonard de Vinci Université Paris 13 74, rue Marcel Cachin 93017 Bobigny cedex France http://www-smbh.univ-paris13.fr/lbtp/index.htm e-mail: rm_caron@smbh.univ-paris13.fr, caron_prot@yahoo.fr

Sommaire 1 Les techniques générales de protéomiques 1.1 Séparation des protéines 1.1.1 Electrophorèse 1.1.1.1 1D 1.1.1.1.1 IsoElectroFocalisation 1.1.1.1.2 SDS-PAGE 1.1.1.2 2D 1.1.2 Chromatographie 1.2 Purification et concentration des protéines 1.2.1 Dialyse 1.2.2 Lyophilisation 1.3 Révélation des protéines 1.3.1 colorations 1.3.1.1 argentique 1.3.1.2 au bleu 1.3.2 fluorescence 1.3.3 chemioluminescence 1.3.4 radiomarquage 2 L'identification des protéines 2.1 Technique du "fingerprinting" 2.2 Microséquençage 2.3 Séquençage 3 La protéomique quantitative 4 Les interactions protéiques 5 La protéomique structurale 6 La protéomique fonctionnelle 6.1 discussion

[modifier] Les techniques générales de protéomiques

[modifier] Séparation des protéines

[modifier] Electrophorèse

migration des protéines dans un gel d'agarose ou de polyacrylamide, sous l'influence d'une courant électrique. séparation en fonction des conditions : poids moléculaires, point isoélectrique...

Electrophorèse

[modifier] 1D

dépot échantillon protéine sur bord du gel. Migration dans 1 dimension

[modifier] IsoElectroFocalisation

gel avec gradient de pH, migration jusqu'au pH correspondant au point isoélectrique (pH pour lequel les charges + des protéines compensent les charges -, compléter en expliquant la protonation des protéines en fonction du pH)

Isoélectrofocalisation

[modifier] SDS-PAGE

SDS denature et déploie les protéines, "masque" la charge propre des protéines, donne charge - proportionnelle à longueur/masse (séparation en fonction des charges ou de l'encombrement ? a verifier)

SDS-PAGE

[modifier] 2D

Gel de polyacrylamide. migration première dimension par Isoélectrofocalisation. migration dans seconde dimension par SDS-PAGE. Mettre une image ou photo

[modifier] Chromatographie

Une phase mobile et une phase stationnaire. Il existe différents types : chromotographie de partage (solubilité), d'exclusion (taille), d'adsoption en phase normale ou inverse (polarité), échangeuse d'ions (charge électrique), d'affinité (groupe d'atomes).

Chromatographie

Réf : (Tswett M. Ber. Dtsch. Chem. Ges., (1906) 24, 316).

[modifier] Purification et concentration des protéines

[modifier] Dialyse

permet de dessaler, de changer de tampon

• avantage :
• inconvenient :

[modifier] Lyophilisation

permet de concentrer, de changer de tampon

• Avantage :
• Inconvenient : concentre aussi les sels

[modifier] Révélation des protéines

[modifier] colorations

[modifier] argentique

coloration à l'argent, modifié shevchenko, décoloration

[modifier] au bleu

[modifier] fluorescence

[modifier] chemioluminescence

[modifier] radiomarquage

[modifier] L'identification des protéines

Différentes techniques permettent d'identifier des protéines. Elles ont en commun de permettre de rassembler des informations sur les propriétés physiques et chimiques des protéines, sur les fragements produis après digestion enzymatique ou chimique ou sur leurs séquences partielles ou totales.

Ces données collectées sont comparées aux différentes banques de données disponnibles en ligne par l'intermédiaire de logiciels spécifiques.

[modifier] Technique du "fingerprinting"

Techniques par digestion enzymatique (souvent par la trypsine). Produit des fragements de taille spécifique de la protéine. Mesure de la masse des fragments par spectrométie de masseComparaison par le logiciel Mascot par exemple.

[modifier] Microséquençage

Fragmentation de peptide par MS/MS, coupe au niveau des liaisons peptidiques. Comparaison avec les banques de données

[modifier] Séquençage

Par methode de

[modifier] La protéomique quantitative

[modifier] Les interactions protéiques

[modifier] La protéomique structurale

[modifier] La protéomique fonctionnelle

[modifier] discussion