- Warburton, Essai sur les hiéroglyphes des Égyptiens. Édition savante, précédée de « Transfigurations : archéologie du symbolique », par P. Tort, Paris, Aubier, 1978, 408 p.
- Physique de l’État (examen du Corps politique de Hobbes), Paris, Vrin, 1979, 72 p.
- Sciences humaines et philosophie en Afrique (avec P. Désalmand), Paris, Hatier, 1979, 399 p. (épuisé. Disponible à l’ICDI).
- L’Origine du Paradoxe sur le comédien. La partition intérieure, Paris, Vrin, 1980, 76 p.
- Évolutionnisme et linguistique, Paris, Vrin, 1980, 121 p.
- Maupertuis, Vénus physique. Lettre sur le progrès des sciences, précédé de « L’ordre du corps », par P. Tort, Paris, Aubier, 1980, 171 p.
- La Constellation de Thot (hiéroglyphe et histoire), Paris, Aubier, 1981, 156 p.
- A. et A. Schott, Contes roumains, traduits de l’allemand par D. Modigliani, et précédés de « La patience du désir. Programme d’une autre analyse des contes », par P. Tort, Paris, Maisonneuve et Larose, 1982, 324 p.
- La Querelle des analogues (Cuvier / Geoffroy Saint-Hilaire), Plan de la Tour, Éditions d’Aujourd’hui, 1983, 301 p. (épuisé).
- La Pensée hiérarchique et l’évolution, Paris, Aubier, 1983, 556 p.
- Misère de la sociobiologie (dir.), Paris, PUF, 1985, 191 p.
- Être marxiste aujourd’hui, précédé de « Lukács 1955 », par Henri Lefebvre, Paris, Aubier, 1986, 156 p.
- Herbert Spencer, Autobiographie (naissance de l’évolutionnisme libéral), précédé de « Spencer et le système des sciences », Paris, PUF, 1987, 550 p. (épuisé).
- Marx et le problème de l’idéologie, Paris, PUF, 1988, 147 p. (épuisé. Réédition à venir).
- La Raison classificatoire, Paris, Aubier, 1989, 572 p.
- Darwinisme et société (dir.), Paris, PUF, 1992, 700 p.
- L’Homme, cet inconnu ? Alexis Carrel, Jean-Marie Le Pen et les chambres à gaz, Paris, Syllepse, 1992, 56 p. (avec L. Bonnafé).
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- L’Animal écran (avec P. Lacoste et J.-A. Fieschi), Paris, Éditions du Centre Georges Pompidou, 1996, 96 p.
- Spencer et l’évolutionnisme philosophique, Paris, PUF, « Que sais-je ? », novembre 1996, 128 p. Épuisé. Disponible sur demande à l’ICDI.
- L’Ordre et les monstres (Le débat sur l’origine des déviations anatomiques au XVIIIe siècle), Paris, Syllepse, 1998, 250 p. (2e édition.).
- Darwin e il darwinismo, Rome, Editori riuniti, 1998, 142 p.
- Charles Darwin, La Filiation de l’Homme et la sélection liée au sexe, Paris, éditions Syllepse, 1999, 826 p. Précédé de P. Tort, « L’anthropologie inattendue de Charles Darwin ». Premier volume paru (tome 22) de l’intégrale des Œuvres de Darwin.
- Darwin et la science de l’évolution, Gallimard, « Découvertes », 2000, 160 p.
- Charles Darwin, The Scholar who changed Human History, Londres, Thames & Hudson, 2001, 160 p.
- Darwin and the Science of Evolution, New York, Abrams, 2001, 160 p.
- Darwin e a ciência da evolução, Rio de Janeiro, Objetiva, 2004, 160 p.
- Para leer a Darwin, Madrid, Alianza, 2001, 128 p.
- La antropologia di Darwin, Rome, Il Manifesto, 2001, 176 p.
- Charles DARWIN, La Formation de la terre végétale par l’action des vers de terre, avec des réflexions sur leurs habitudes, Paris, éditions Syllepse, automne 2001, 300 p. Précédé de P. Tort, « Un regard vers la terre ». Deuxième volume (tome 28) de l’intégrale des Œuvres de Darwin.
- Fabre. Le miroir aux insectes, Paris, Vuibert / Adapt, 2002, 352 p.
- La Seconde révolution darwinienne (Biologie évolutive et théorie de la civilisation), Paris, Kimé, 2002, 140 p.
- Darwin et la philosophie, Paris, Kimé, 2004, 78 p.
- Darwin et le darwinisme, Paris, PUF, « Que sais-je ? », 2005, 128 p.
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