Discussion Utilisateur:Guillom/Biopuce

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C'est ici que vous pouvez laisser vos critiques / remarques concernant mes articles en cours. Guillom*

Bonjour Guillom


Voici mon avis sur cet article :

  • Pour l'introduction : points commun des biopuces (miniaturisation, meilleure sensibilité, meilleure spécificité, principe = sonde fixée sur support, cible en solution). Bien distinguer l'objectif des biopuces (meilleure sensibilité, haut débit, faible consommation d'échantillon), les moyens utilisés (miniaturisation, détection par fluorescence punkte: désolée, mais la fluorescence est spécifique d'une méthode de puce à ADN, je pense que le terme convenable serait automatisation de l'acquisition du signal : les biopuces entraine l'achat d'equipement lourd capable de généré un haut débit de données) et les applications habituelles (analyse échantillons "rares" punkte : pas uniquement, cette technique est de plus en plus envisagée comme outils de routine dans les services médicaux (pas encore utilisées)). Attention, les biopuces n'apportent rien (a ma connaissance) au niveau spécificité : il peut y avoir des erreurs d'alignement entre la sonde et sa cible (si par exemple les séquences sont complémentaires sauf sur 1 base punkte: c'est exact, a priori, mais ce défaut tends à être gommé, d'ou la créarion de puces SNP) et les anticorps peuvent reconnaitre plusieurs épitopes (on dépose donc en général plusieurs anticorps dirigé contre 1 même protéine mais sur plusieurs épitopes différents)
  • Tu souhaites mettre quoi dans le chapitre "Reconnaissance spécifique des cibles en solution" ?
  • La méthode elisa est un système de quantification des protéines. Un mélange de protéines en solution est déposé sur un support, la sonde (un anticorps spécifique d'un protéine) s'associe avec sa cible si elle est présente, un second anticorps (qui détecte la premier anticorps et qui est couplé à une enzyme) permet la révélation. Des méthodes elisasont en cours de miniaturisation pour permettre le haut débit mais ca n'est pas (encore) des biopuce (diamètre de plusieurs centaines de µm pour l'elisa et 50µm pour les biopuces)
  • La détection par fluorescence est la méthode la plus utilisée, il est préférable de la mettre en première.
  • Il existe des méthodes colorimétriques (enzymes donnant des produits colorés)
  • Je connais pas la méthode de détection par microbalance piezzoélectrique. Peut être parles tu d'un autre système qui mesure la variation de courant lors que la sonde est couplée avec sa cible.
  • Il existe plusieurs types de puce, avec des techniques d'immobilisation spécifiques et des sondes différentes. A mon avis, l'article doit bien séparer ces types de puces :
    • Les puces de type Affymetrix punkte: le terme affy est mal a propos, il existe 3 "leader" commerciaux dans le marché des puces à ADN : Affymetrx, Applied Biosystem, Agilent, mersi de ne pas faire du proselytisme! :), constituées de séquences d'ADN d'environ 20 bases, synthétisé in situ, ciblant de l'ADN digérée ou de l'ARNm, fabriqué dans "commerce" (du fait du coût de l'appareil à synthétiser les sondes)
    • Les microalignements d'ADNc, constitués d'ADNc entre 1000 paires de bases et 2000, synthétisé à partir de PCR puis immobilisé sur un support, ciblant de l'ADN ou de l'ARN, fabriqué directement dans le laboratoire
    • Les puces à protéines, utilisant des anticorps comme sonde et ciblant des protéines
  • puce à anticorps = puce à protéines !
  • Je connais pas les biopuces à sucres. Les anticorps peuvent reconnaitre des modifications post-traductionnelles portées par des protéines (groupes phosphates, glycosylation...). On peut donc réaliser des puces qui distinguent les sucres portés par des protéines. C'est peut être de ca que tu parles ?
  • Le paragraphe Les puces à ADN
    • Technologie récente = 1995 (ce qui commence à être "vieux" dans le monde de la recherche!)
    • Je pense qu'il faut bien expliquer dans l'article que les puces apportent le haut débit. Il était possible d'étudier le transcriptome avant l'apparition des puces et continue d'être largement utilisé (la PCR étant la technique la plus utiliser permettant de vérifier l'expression d'un gène)
    • La comparaison des 2 transcriptomes (issus de cellules saines et de cellules malades par exemple) est réaliser de manière différentes selon le type de puce :
    1. avec les puces de types de Affimetrix punkte: Affymetrix! :) de plus, il ne s'agit pas que celle d'affymetrix, des puces maison ont le même protocole, on dépose les 2 échantillons en même temps sur les sondes (chacun marqué avec un fluorochrome différent) puis on compare l'intensité de la fluorescence de chacun des échantillons. Une intensité plus important de l'un des transcrit correspond à une sur expression du gène correspondant, des intensités égales correspondent à des gènes exprimés de manière identique, aucun signal correspond a des gènes non exprimés dans ces cellules.
    2. avec les puces de type microalignement, on immobilise des fragments d'ADNc issu de l'un des transcriptomes (en général celui des cellules saines) qui va constituer les sondes, puis on dépose le second transcriptome (marqué par un fluorochrome). Une intensité intense correspond donc à un gène qui est exprimé dans les 2 types cellulaires, aucune intensité correspond à un gène sous-exprimé dans la cellule malade.
    • Pour la fabrication des puces, distinguer selon les types de puces (voir plus haut)
    • Attention, on ne peut pas déposer plusieurs milliers de gènes sur une puce. En fait, une puce est constituée de 96 ou 384 spots punkte : je ne suis pas du tout d'accord avec ceci, il existe des puces 44k, ce qui veut dire 44k gènes différents. Chaque spot contient plusieurs milliers de copies d'une même sonde. Les spots sont donc spécifiques d'un gènes chacun. De plus, pour pallier au problème de spécificité, on dépose plusieurs sondes (spots) pour un même gène (ce qui réduit le nombre de gènes étudiés)punkte: c'est vrai pour des puces maison, cette technique n'est plus utilisé par les puces commerciales. Par contre, les robots "spotter" peuvent fabriquer plusieurs dizaines de puces en même temps.
    • Le scanner mesure uniquement l'intensité des signaux émis. La couleur rouge ou vert est due au traitement informatique qui colorise les spots. Idem pour les détections par radiomarquage ou électrique
    • L'analyse est plus compliquée que la simple mesure des intensités. Il y a toujours des problèmes d'homogénéité des spots, des problèmes d'immobilisation des sondes (et donc de l'intensité du signal) et de dépôts sur les puces. Il faut aussi prendre en compte le fait qu'une différence n'est pas forcement significative. L'analyse statistique est assez complexe. La méthode la plus utlisée (à ma connaissance) est la méthode ANOVA (approche par analyse de variance) punkte:(pas tout à fait, en fait, il existe plusieures écoles de "pensée", mais autant donné le nombre d'échantillons par rapport aux nombre de données générés, l'ANOVA est peu performante! (surtout lorsque le design de l'expérience est complexe), on utilise, par exemple, l'algorithme SAM (significance analysis microarray), ou d'autres clusterise directement leurs données, Un des groupes de chercheur travaillant sur l'analyse est le groupe bioconductor, qui untilise un logiciel "R" pour le traitement statistique www.bioconductor.org).
    • La densité des puces de type Affimétrix punkte:(corr: Affymetrix) (qui s'utilisent avec 2 échantillons en même temps punkte: de nombreuses puces utilise ce procédé, qui n'est pas uniquement du a "Affy")) est plus importante que les puces de types micro-alignements (avec 1 échantillon utilisé comme sonde et l'autre comme cible)
    • Puce à protéines (ne pas classer dans puce à ADN !) ce sont des anticorps (= des immunoglobines) qui reconnaissent un antigène (= une protéine). Plus précisement, c'est le paratope (une séqence d'environ 10 acides aminés de l'anticorps) qui reconnait de façon assez spécifique l'épitope (une séquence de 10 acides aminés sur l'antigène). Les anticorps sont fixés sur le support (= sonde) et les antigènes sont mis en solution (= cible)

Proposition de plan :

  1. Introduction / présentation
  2. Type de puces
    1. Puce à ADNc
      1. Puce de type "Affimetrix"
      2. Microalignement d'ADNc
    2. Puce à protéines
  3. Méthodes de détection
  4. Analyse statistique
  5. Exemples d'application

Pour information :


Bon courage et félicitation de t'attaquer à un problème qui n'est pas ta spécialité
Gbdivers 20 mars 2006 à 20:31 (CET)
(petite remarque, je ne participe pas trop à l'écriture des articles sur wikipédia pour le moment. Je participe à l'écriture d'une encyclopédie wiki de protéomique donc déjà beaucoup de boulot. Par la suite, on transfera les articles généraux de notre encyclopédie vers wikipédia)

Bonjour Gbdivers
Merci beaucoup pour tous tes conseils sur la page de discussion. En fait, cette sous-page n'est pour l'instant qu'un brouillon de plan et de mots-clés que je note au fur et à mesure que les idées me viennent, pour ne pas en oublier. Je n'ai pas trop le temps de rédiger l'article, mais je compte m'y mettre dès que possible. Je te soumettrai le premier jet pour correction, si tu veux.
D'autre part, les biopuces ne sont certes pas mon domaine actuel de recherche, mais j'ai travaillé pendant plus de 4 mois sur des biopuces à anticorps, alors je maîtrise un peu le sujet quand même :)
Guillom 21 mars 2006 à 12:51 (CET)
Salut Guillom !... Un article qui promet d'être passionnant ! Ca rend impatient de voir la version officielle !... Bon courage d'ici là !... :-) Elapied 21 mars 2006 à 15:44 (CET)

punkte : escusez moi pour la barbarie de mes correction, je ne suis pas sure de savoir bien le faire. Je les ai mis en italique afin que vous puissiez les effacer le cas échéant! en espérant que ca aide.

  • quelques remarques supplémentaire: il n'y a pas qu'Affy en puce commerciales.
  • il existe des puces monocouleur, qui enlève le biais du pool de référence (l'échantillon que l'on utilise dans l'ensemble de l'expérience qui sert de référence, afin de pouvoir comparer les puces entre elle.