Discuter:Biochimie

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Sommaire

[modifier] Peptide monocaténaire

  • Que signifie un peptide monocaténaire? merci.
  • Un peptide monocaténaire est une chaîne unique d'acides aminés. Cette dénomination est un peu impropre car elle est réservée aux acides nucléiques : on dit ADN monocaténaire c'est à dire un seul brin d'ADN (ou chaîne si vous voulez) ou d'ADN bicaténaire c'est à dire deux brins d'ADN enroulés en double hélice. En général, pour les protéines on utilise plus les termes monomère (ou d'unité), dimère ... --Rubisco 26 juillet 2006 à 13:02 (CEST)

[modifier] Améliorer cet article

Je demande de l'aide pour développer cet article, en incluant des paragraphes (l'histoire de la biochimie) et les (techniques utilisés en biochimie). J'ai indiqué les sections incomplètes par le panneau suivant:

Il y a aussi, je suppose, beaucoup de fautes à corriger.

Merci d'avance pour vos contributions! Rubisco 10 août 2006 à 23:39 (CEST)

Je viens de penser à un truc: Si on rajouter un diagramme montrant la composition d'un être humain en eau/glucide/lipide/protéine/... Ca pourrait faire un intro sympa pour les molécules étudier en biochimie... Reste à trouver le dit diagramme... -- Foobar 17 août 2006 à 08:46 (CEST)
Je vois que l'article a pas mal avance. <autocongratulation>Felicitons-nous du travail accompli!</autocongratulation>. Mais je me demande s'il ne manque pas qq petits trucs. Par exemple, on ne parle pas de toute ces petites molecules si importantes dans la biochimie : l'ATP, les pigments, les ions metalliques (bon d'accords, ca c'est pas des molecules)... Mais je ne sais pas trop comment les evoquer, ni si c'est une bonne idee de le faire. Le risque et de voir l'article se transformer en une liste de molecules/atomes/ions ce qui deviendrai rebarbatif... Ou alors, il faudrait completement casser l'article et revoir le plan, mais la, j'ai pas trop d'idees... Peut etre juste rajouter une section sur l'energie utilisee dans les reactions biochimiques? Que pensez-vous qu'ils manque encore a cette article? -- Foobar 7 septembre 2006 à 19:28 (CEST)
Bah je pensais dès le début qu'on se précisait trop dans les biomolécules, maintenant je pense qu'il faut faire un article d'introduction au métabolisme et sur la relation structure-fonction! Par contre je m'excuse par avance mais je n'ai pas le niveau pour vous aider dans cette tâche qui me semble assez ardue!
jajaloic 7 septembre 2006 à 19:47 (CEST)

[modifier] Retoucher l'article

Salut,

je réponds à ton appel, mais je ne suis pas sur de pouvoir beaucoup aider dans la mesure où je ne suis pas (encore) spécialiste en biochimie. (Mais j'aimerai le devenir donc je vais t'aider ^^)

Bon il me semble que ton idée est de parler des biomolécules en premier lieu, dans ce cas il faut parler de l'eau qui est pour moi la biomolécule la plus importante.

Il faut maintenant que je lise plus en profondeur l'article pour me faire une meilleure idée.

Enfin j'ai un livre d'histoire des sciences, je vais voir si il peut nous aider.

jajaloic 11 août 2006 à 11:03 (CEST)

Bonjour tout le monde! L'idee de Jajaloic est effectivement tres bonne. J'oublies souvent l'importance du milieu reactionnelle! Sans compter que l'eau intervient dans de nombreuses reactions. Mais avant de se lancer tete baisser dans l'article, on pourrait se fixer un objectif a atteindre. Je propose un debut de plan
  1. Definition : l'intro actuelle est pas mal
  2. Les molecules du vivant : eau, sucre, proteine lipides, ...
  3. Les reactions biochimiques : presentation des enzymes, des voies metaboliques, les oxydo-reductions, ...
  4. Histoire de la biochimie
  5. La biochimie a l'heure actuelle : la partie "science multidisciplinaire" est un bon debut
  6. Les perspectives de la biochimie: sans doute la partie la plus delicate!:
Evidemment, c'est qu'une proposition et on est pas obliger de faire figurer ces parties des maintenant. Disons qu'on pourra les faire apparaitre au fur et a mesure que l'article s'enrichira.
-- Foobar 11 août 2006 à 18:19 (CEST)
Bon, je vais m'occuper de mettre en place une base correcte pour l'histoire de la biochimie. Le problème pour le reste de l'article est qu'il fait un peu fouilli et franchement il ne donne pas envie de le lire (surtout les glucides). Je pense qu'il vaut mieux simplifier l'article en citant par famille les différents groupes de molécules, leurs fonctions (et propriétées remarquables). Ca ne sert à rien de rentrer dans des détails qui sont expliqués dans les liens.
Bon mon idée est proposée et j'ai une idée assez claire de ce que je propose mais il s'agit qu'on se mette d'accord
jajaloic 11 août 2006 à 23:59 (CEST)
Salut,
Je pense que votre contribution dans le paragraphe historique "Emergence de la biochimie" est un bon début. Je suis de votre avis concernant le plan et le style peu didactique de cet article. Mais, à mon avis l'article encyclopédique doit être un peu détaillé de telle manière que quelqu'un d'étranger à cette discipline puisse avoir une idée claire et concise de la biochimie sans se perdre dans les liens. A mon opinion, restreindre l'article à une longue liste de liens n'est sûrement pas une bonne idée (d'ailleurs c'est la fonction des portails). Je pense que la rédaction peut être améliorée à partir de ce qui existe maintenant.
Cordialement, Rubisco 12 août 2006 à 12:16 (CEST)
Pour être franc j'ai peur qu'avec ce qu'on a écrit sur les biomolécules et ce qu'on doit écrire sur les réactions biochimiques que l'article ne devienne un pavé. Je n'ai pas dit que je voulais restreindre les choses à une longue liste mais je voudrais qu'un gars qui veut se renseigner sur la biochimie puisse avoir rapidement une idée globale et un plan général donnée par l'article. Mais pour cela il faut améliorer la lisibilité, et peut-etre enlever certains détails inutile à une compréhension globale de l'article
jajaloic 13 août 2006 à 18:03 (CEST)
Finalement, le mieux est peut etre d'ajuster le tir au fur et a mesure que l'article evolue pour decider ce qui est pertinent ou pas. D'une part, l'article est encore jeune. D'autre part, ca risque de dependre fortement de ce que chacun va y apporter. Bref, decidons de ne rien decider :) -- Foobar 14 août 2006 à 17:45 (CEST) J'ai retirer qq sauts de ligne pour rendre la discussion plus claire, j'espere que ca ne choquera personne...


Oui je pense qu'il vaut mieux qu'on finisse les différentes parties de l'article puis après on verra plus précisement la mise en forme et le contenu jajaloic 14 août 2006 à 19:31 (CEST)

Je suis bien de votre avis, je pense que cet article est un être vivant qui évolue à fur et mesure de nos contributions. Je suis sûr que le résultat final sera satisfaisant. Cordialement Rubisco 14 août 2006 à 22:50 (CEST)

[modifier] Eau et biochimie

Bonjour,

merci pour votre réponse. Je pense que votre idée de parler de l'eau dans l'article biochimie en premier lieu est trés bonne. Si vous voulez bien, je vous laisse le plaisir d'éditer ce paragraphe.

--Rubisco 11 août 2006 à 16:58 (CEST)

Salut,
je vais essayer de m'occuper de cet article
jajaloic 14 août 2006 à 19:38 (CEST)

Voila, l'eau est à peut-près fini mais je pense qu'il est important que vous y jetiez un coup d'oeil pour vérifier l'ensemble jajaloic 17 août 2006 à 01:17 (CEST)

Hello, je viens de relire la partie sur l'eau. Je pense que ça manque un peu de cohérence; on saute d'une notion à l'autre sans trop faire le lien. (attention, ça ne se veut absolument pas méchant! Je sais que certaines personnes sont susceptibles, dont moi, alors je préviens! c'est juste un point de vue!). Peut-être pourrait-on d'abord définir le message à faire passer. Pour ma part, je crois qu'il faudrait dire que (sous une forme ou sous une autre) :
  1. l'eau est le principal milieux réactionnel dans la Nature et que la vie s'est développée en fonction de ça (hum, je suis peut être allé un peu trop loin dans le point de vue là)
  2. l'eau est bien pratique dans beaucoup de réactions d'oxydo-réductions du fait de ses propriétés chimiques
  3. l'eau possède des propriétés physique biens pratiques dans certains cas (capillarité, ...)
Peut être faudrait-il faire 2 parties: 1 pour les propriétés chimiques, 1 pour les propriété physiques?
-- Foobar 17 août 2006 à 08:06 (CEST)
Salut, en fait mon article est un joli copier/coller de l'article sur l'eau que j'ai pas mal retouché (j'ai du mal à me trouver une base cohérente). Je pense que maintenant c'est une bonne idée de modifier le plan mais je ne sais pas si j'en suis capable. Je pense particulièrement à l'oxydo-réduction que je maitrise particulièrement mal
jajaloic 17 août 2006 à 11:05 (CEST)

[modifier] Lipides

J'ai completer un peu la definition des lipides avec ce que j'ai deja ecrit dans l'article lipide. J'en ai profiter pour rajouter une section Biblio. Notez que mon intro n'est peut etre pas assez didactique et utilisent peut etre trop de termes barbares ... -- Foobar 11 août 2006 à 23:48 (CEST)

Salut,
Effectivement l'introduction du paragraphe lipides me paraît un peu difficile mais intéressante. Je pense qu'on peut signaler brièvement le problème de la classification des lipides. Les détails peuvent être abordés dans l'article principal : lipides. Bravo pour le plan !
Amicalement, Rubisco 13 août 2006 à 00:07 (CEST)

Je pense m'attaquer a la classification des lipides. Le truc, c'est que je pensais faire des couples claires en mettant juste le noms des principales categories (acides gras, acylglycerols, ...) et qq images d'exemples dont la plupart des gens ont entendu parler (le cholesterol, un triglyceride, ...). J'en profite pour dire que je ne suis pas completement d'accord avec la classification qui est propose actuellement. Elle est parfaitement juste mais elle a l'inconvenient d'avoir une categorie un peu fourre-tout ou se retrouve 75% des lipides (estimation a vu de nez). Je propose donc de faire une classification plus detaillee, mais probablement moins conviviale que celle actuelle. Dans tout les cas, je pense que pas mal de texte risque d'etre retire a terme. Cordialement -- Foobar 14 août 2006 à 17:54 (CEST)

Voila, j'ai revue la classification des lipides en essayant de rendre tout ca plus compact... Mais est-ce plus accessibles? En ce qui concerne l'histoire de la biochimie, je vais tente de la relire asap! -- Foobar 16 août 2006 à 02:14 (CEST)
Je trouve ta classification des lipides très bien, j'ai ajouté des noms de molécules connues pour vulgariser un peu, vérifie tout de même que je ne dit pas de bétises
jajaloic 16 août 2006 à 15:58 (CEST)

[modifier] Synthèse des lipides

Salut,

je crois qu'on devrait revoir une phrase: "La biochimie pourrait compléter cette définition en ajoutant que les lipides peuvent provenir en totalité ou en partie de condensations de thioesters basées sur des carbanions et/ou de condensations d'unités isoprènes basées sur des carbocations[1]." j'ai fait 60 heures de cours sur les biomolécules mais je n'arrive pas à comprendre cette phrase... jajaloic 16 août 2006 à 09:27 (CEST)

Il est vrai que cette phrase est d'un niveau de technicité bien trop élevé et, de fait, détonne un peu avec le reste de l'article : en entrant dans de tels détails pour tous les autres thèmes de l'article, on va se retrouver avec le Stryer... L'article ne doit pas devenir trop long sinon il ne passera pas les critères de qualité. Je propose d'enlever cette phrase. Moez m'écrire 16 août 2006 à 15:03 (CEST)
Hello,
pour répondre à tout le monde, cette phrase en fait une citation prise dans cette étude (Pour l'explication de texte, c'est par ):
« we define lipids as hydrophobic or amphipathic small molecules that may originate entirely or in part by 
carbanion-based condensations of thioesters (fatty acids, polyketides, etc.) and/or by carbocation-based
condensations of isoprene units (prenols, sterols, etc.). »
                                                            Fahy et al., Journal of Lipid Research (2005)
Comme je n'aime pas paraphraser, j'ai repris la phrase tel quel. C'est sûrement un peu abrupt, mais est à mon avis important. En fait, il faudrait mettre à plat ce que l'on souhaite effectivement dire sur les lipides dans cet article. Pour moi, il y a une notion importante à faire passer, c'est que les lipides sont un ensemble très hétérogène de molécules. Or, pour définirun groupe, il faut trouver le plus petit dénominateur commun entre les individus et c'est là que cela devient pas facile. Quel(s) point(s) communs(s) existe-t-il entre des acides gras, du carotène et des macrolides ? (en supposant que tout le monde est d'accord pour qualifier les 2 dernières molécules de lipides, ce qui n'est pas joué d'avance)
La réponse passe par la case caractérisation physico-chimique. Et là, c'est plutôt maigre : petite molécules amphiphiles ou hydrophobes et de densité < 1... Le soucis est que certains acides aminés pourraient coller à cette définition. Les gens ont alors chercher du côté des voies de synthèse des lipides pour voir s'il n'y avait pas d'autres plus petit dénominateur commun. Ce qui est un vrai casse-tête vu la diversité du vivant. Les auteurs de la publi ci-dessus ont essayé de résumé tout ça en une phrase ce qui est un petit exploit en soi :)
Donc en résumé, le message à faire passer c'est que les lipides sont « loosely defined » car tres variés. Ils partagent qq caractères physico-chimiques en communs mais aussi des voies de synthèse (plutôt dans le sens chimique du terme). A cela, il serait intéressant de dire que les lipides ont évolué tout comme les protéines et les génomes mais j'ai un mal fout à trouver des info la dessus.
-- Foobar 17 août 2006 à 06:56 (CEST)
A mon avis il vaut mieux insister sur la difficulté de définir globalement les lipides plutot que de donner une phrase incompréhensible pour toute les personnes qui veulent quelques renseignement sur la biochimie (au passage merci pour l'explication, j'ai du faire travailler mon cerveau rouillé mais j'ai compris!). Je vais regarder mes cours pour voir s'il en parle!
jajaloic 17 août 2006 à 11:13 (CEST)
Dans ce cas, je propose cette phrase pour remplacer la citation :
« La biochimie a compléter cette définition en montrant que les lipides possédaient des voies métaboliques communes »
Ca reste général et relativement compréhensible. Une bonne référence à ce sujet serait bienvenue pour compléter le tout. Malheureusement, je n'en est pas sous la main. On pourrait "tricher" en citant le Stryer qui de toute manière le dis qq part... mais une vrai référence serait mieux! -- Foobar 21 août 2006 à 05:04 (CEST)
Salut, je pense qu'on peut un peut modifier ta phrase:
"Pour expliquer la diversité des lipides, la biochimie a complété cette définition en montrant que les lipides possédaient des voies métaboliques et de synthèse communes".
J'ai introduit la phrase pour expliquer le but des biochimistes, corrigé une petite faute d'orthographe, rajouté la notion de synthèse commune (je ne sais pas si c'est exacte) mais j'ai du mal avec la notion de métabolisme.
Pour faire la référence je crois que tu es le plus apte à la trouver et que j'aurai du mal à t'aider.
jajaloic 21 août 2006 à 11:59 (CEST)
Salut, en fait j'ai trouvé [1] vers jussieu, si l'image est libre de droit il peut être interessant de la mettre dans l'article ou sinon d'en refaire une ressemblante.
jajaloic 21 août 2006 à 12:38 (CEST)
Attention, je vais etre tres tatillons :) !
  • « Pour expliquer la diversité des lipides » : Je ne pense pas qu'au depart, les biochimistes aient voulu expliquer lq diversite des lipides. c'est plutot un truc qui est apparu petit a petit qd on a su un peu mieux definir ce qu'etait un lipide et comment ils etaient synthetises. Je ne suis donc pas trop pour mettre de genre d'intention
  • « les lipides possédaient des voies métaboliques et de synthèse communes ». Le metabolisme regroupe la symthese (anabolisme) et la degradation (catabolisme). Il est donc redondant de dire « des voies métaboliques et de synthèse communes ». Cela dit, je ne sais pas si les voies de degradation des lipides sont communes pour tout les steroides par exemple... On pourrait juste dire « voies de syntheses communes » puisque ca c'est vrai comme en temoignent les schemas de la synthese des stérols et le schema que tu as trouve sur les acylglycerols. A ce propos, il est bien sous copyright! Mais ont peu toujours rajouter l'adresse du lien dans le texte car le sie est plutot bien fait.
-- Foobar 22 août 2006 à 01:43 (CEST)

Salut, j'ai intégré la phrase à l'article, je te laisse voir le résultat. Bah on va intégrer un lien vers le site de Jussieu, je me demande si tu pense que c'est une bonne idée de refaire le schéma et de l'intégrer a l'article? Peut-être ce schéma est trop spécialisé pour l'article. jajaloic 22 août 2006 à 12:39 (CEST)

Parfait, merci :) Pour le schéma, c'est vrai que celui du site de Jussieu est pas mal. L'avantage est qu'il est simple : pas de dessin de molécules, pas trop de noms tarabiscotés d'enzymes...Il pourrait assez bien illustrer le propos. J'avais trouvé un schéma un peu similaire pour les stéros sur Wikicommon, mais je ne l'ai finalement pas mis. Trop gros, trop de couleurs. Il aurait été indigeste de l'intégrer sans explication. Mais si le schéma ne comporte que les noms des molécules (noms qui se trouvent déjà dans l'article), pourquoi pas (?) -- Foobar 23 août 2006 à 07:29 (CEST)

[modifier] ajout

j'ai ajouté quelques parenthèses sur les lipides, si tu peux juste vérifier que je ne me suis pas trompé. jajaloic 16 août 2006 à 09:48 (CEST)

C'est fait :) J'ai retiré le terme de « tryacylglycéride », qui n'est pas utilisé à ma connaissance, pour le remplacer par les termes de « mono-, di- et triglycéride » afin de faire le lien avec le texte juste avant la parenthèse. J'en ai profité pour rajouter le nombre d'entrées dans LIPID MAPS pour donner une idée de la diversité des lipides. -- Foobar 17 août 2006 à 06:25 (CEST)
je me souviens avoir entendu ce terme en cours, je vais regarder dedans
jajaloic 17 août 2006 à 11:15 (CEST)
Salut
En faite, je crois qu'il s'agit d'une faute de frappe : c'est "triacylglycérols" synonyme de "triglycérides". Ce terme porte une signification chimique plus exacte même s'il est moins utilisée que le précèdant. Cordialement, Rubisco 18 août 2006 à 12:52 (CEST)
Salut
Oui c'est ça, je me suis posé la question quand j'ai nommé la molécule
Cordialement, jajaloic 18 août 2006 à 13:26 (CEST)

[modifier] emergeance de la biochimie

J'ai bien entamé le sujet sur l'histoire de la biochimie, par contre je n'ai pas encore parlé de la génétique. Je pense qu'après je vais enlever le bandeau disant que le sujet est encore trop vide. Je remercie Rubisco pour avoir commencé à placer des liens sur mon sujet. jajaloic 13 août 2006 à 18:03 (CEST)

Bonjour, j'estime avoir fini la partie sur l'emergeance de la biochimie. J'aimerai bien de savoir ce que vous en pensez.
jajaloic 14 août 2006 à 19:33 (CEST)

[modifier] Bibliographie

Rubisco, je ne comprend pas pourquoi tu as supprimé ma source dans la bibliographie pour l'émergeance de la biochimie.

Cordialement

jajaloic 14 août 2006 à 13:02 (CEST)

Salut,
Je voulais placer cette référence dans la rebrique "notes et références" (en bas) en utilisant la commande "ref" mais j'ai échoué. désolé pour la gaffe! Rubisco 14 août 2006 à 15:56 (CEST)
Salut,
J'ai corrigé le problème, à l'origine j'ai voulu faire comme toi mais je ne sais pas si c'est possible
jajaloic 14 août 2006 à 19:37 (CEST)
J'ai séparé les sections "bibliographie" et "notes et références". Ce sont 2 choses différentes. La bibliographie c'est pour indiquer des livres sur le même sujet. Les références c'est pour justifier d'où on tire une information précise (et ca peut etre un livre évidemment). Donc si vous voulez ajouter une référence sur une information précise, mettez <ref>blabla</ref> directement dans la phrase concernée, et ca ajoutera tout seul le texte en bas de page. Si vous voulez juste indiquer qu'un livre est bien si on veut se documenter sur le sujet, ajoutez le dans la section bibliographie (vous pouvez utiliser le modèle {{Ouvrage}} si vous le souhaitez). Piglop 14 août 2006 à 20:26 (CEST)

[modifier] refaire le plan

Bonjour,

je reprend le plan donnée par Foobar:

  1. Definition : l'intro actuelle est pas mal
  2. Les molecules du vivant : eau, sucre, proteine lipides, ...
  3. Les reactions biochimiques : presentation des enzymes, des voies metaboliques, les oxydo-reductions, ...
  4. Histoire de la biochimie
  5. La biochimie a l'heure actuelle : la partie "science multidisciplinaire" est un bon debut
  6. Les perspectives de la biochimie: sans doute la partie la plus delicate!

Bon déja il faudrait mieux intégrer le plan dans l'article (ajouter un titre "les molécules du vivant"). J'ai remarqué qu'on à pas encore parlé des réactions biochimiques, je pense que le sujet est essentiel à l'article mais malheureusement je ne peux pas vous aider car je n'ai pas les connaissances.

Cordialement

jajaloic 22 août 2006 à 12:32 (CEST)

Attention à l'orthographe: voir la phrase:

"ca ils forment des groupement très compacte qui sont des liasons covalente faible appellés interaction hydrophobe"

On attend une forme soignée dans des articles qui veulent être de référence...

Cordialement